Řád Rytířů sv. Jana byl založen jako charitativní bratrstvo v Jeruzalémě obchodníky z italského Amalfi, kteří trvale sídlili ve Svatém Městě. Později a obzvláště po roce 1099, kdy křižáci obsadili Jeruzalém, řád získal na síle a stal se vojenskou organizací pod řízením a autoritou církve.
Když Jeruzalém padl do rukou Saladina v roce 1187, Rytíři se přestěhovali do Arce v severní Palestině. Ale konečný celkový nezdar křižáků je donutil opustit spolu celé toto území a zavedl je jako uprchlíky na Kypr, kde jim král Henry II. postoupil Limassol. Na Kypru zůstali pouze 18 let než se odstěhovali na Rhodos. Období, během něhož Rytíři panovali na ostrově Rhodos, bylo nejzářnější v jejich historii. Jakmile se sami usadili na Rhodu, Rytíři rozšířili svou moc i na sousední ostrovy a po významné období i na Smyrnu.
Rytíři zanechali impozantní důkaz své přítomnosti na Rhodu a dali ostrovu zvláštní ráz, který si zachoval dodnes s mohutnými hradbami, branami, kostely, nemocnicemi, rezidencemi a paláci. Jejich pobyt trval na Rhodu 213 let až do roku 1522, kdy 29. prosince byl poslední z velmistrů, Villiers de ľ Isle Adam přinucen vydat ostrov Suleimanu Velkému. Je třeba říci, že obléhání trvalo šest měsíců díky silnému odporu Rytířů a pomoci místního obyvatelstva, než bylo město donuceno se vzdát.
Po pádu Rhodu Charles V. a papež pomohli Rytířům hledat nový domov - na Maltě a od té doby jsou známi jako Maltézští rytíři.